如果申請人只是在臺灣轉機不入境，并且確認航空公司有轉機柜臺，不用入境check in 的，可以不需要辦理入臺證，直接在轉機柜臺辦理轉機即可。
另外，請申請人注意：如果是搭乘大陸直飛臺灣的航班，無論是何種目的只要是從大陸直飛臺灣的，是一定要辦妥大通證（大陸居民往來臺灣通行證）和有效簽注的。否則中國邊檢不會放行（出境時中國邊檢只看大通證及有效簽注就放行，不看是否有入臺證）。
如果申請人沒有辦理大通證，那就只能再在香港轉機了，如：原本上海-臺灣-第三國的航線，就需要上海-香港-臺灣-第三國這樣走才可以。這樣的話，就不需要辦理大通證。
