申請日本簽證有嚴格的領區劃分限制，申請人需要根據自己的常住地（工作、學習）來選擇不同的使領館遞交申請。護照簽發地及戶口所在地與常住地不屬同一領區時，除了需要提供相關的長期停留的文件（工作證明、在校證明）之外，還需要提供暫住證的原件。

駐華大使館（北京）管轄領區：北京市、天津市、陜西省、山西省、甘肅省、河南省、河北省、 湖北省、湖南省、青海省、新疆維吾爾自治區、寧夏回族自治區、西藏自治區、內蒙古自治區
上海總領事館管轄領區：上海市、安徽省、浙江省、江蘇省、江西省
廣州總領事館管轄領區：廣東省、海南省、福建省、廣西壯族自治區
重慶總領事館管轄領區：遼寧省（除大連市）、吉林省、黑龍江省
沈陽總領事館管轄領區：重慶市、四川省、貴州省、云南省
大連辦事處管轄領區：大連市
青島總領事館管轄領區：山東省
香港總領事館管轄領區：香港特別行政區、澳門特別行政區